1、高壓均質機按結構形式分為立式整體型均質機和臥式組合型均質機。前者一般適用于中小型設備（功率在45kw以下）；后者適用于大型設備（功率在45kw以上）。目前國內大多數廠家生產的都是立式整體型均質機。這種型式結構緊湊，外形美觀占地面積小。但對大型設備而言，穩定性就成了主要的問題。所謂臥式組合型均質機指的是電機、減速箱、曲軸箱、潤滑站等相對獨立成塊，并分布在同一水平面上，通過皮帶（輪）、聯軸器、油管等連成一體。整機重心低、運轉平穩、檢修方便。
2、高壓均質機按柱塞每分鐘的往復次數分為普通型均質機和低速型均質機。均質機曲軸的轉速(即同比決定柱塞的往復頻率)是決定整機性能的最關鍵的因素之一。在材質、加工精度、結構等相同的情況下，在一定范圍內轉速越低，則各磨擦副(如軸與瓦、柱塞與密封等)在單位時間內的磨損度、泵體內各受力零件(如閥芯、閥座等)在同等時間內的損壞程度均大幅度降低，且設備運轉的穩定性也大大提高。所以該系列特別適合于長時間使用的場合。
3、高壓均質機按控制方式可分為手動控制式、手調液力控制式以及自動液壓控制式。目前，手動控制式在市場上占主導地位。如果整條生產線都是自動控制的，可選用全自動控制均質機。
4、高壓均質機按均質機在生產線上的位置可分為上游均質機和下游均質機。一般在滅菌前使用的均質機稱上游均質機，在滅菌后使用的均質機稱下游均質機。通常前者采用一般的均質機即可，而后者要采用無菌均質機。所謂無菌均質機，就是將均質機柱塞處的動密封泄漏點以及進出口的靜密封處的泄漏點通過蒸汽(或過熱水)與大氣隔絕，這樣的均質機可作為無菌設備在殺菌后使用。